主 任：石正丽 研究员
副主任：危宏平、张波 研究员
学科组：
● 病原细菌学科组（组长：陈士云）
以重要人类病原细菌为研究对象，从基因转录、mRNA稳定性、蛋白翻译等层面，研究病原细菌基因表达调控机理及对毒力、压力耐受、耐药等方面的影响；从基因表达调控和蛋白分泌途径解析病原细菌毒力分泌系统调控机制，寻找发挥关键调控功能的蛋白；系统解析结核分枝杆菌潜伏感染与活跃感染之间的差异，鉴定其中重要的调控蛋白，揭示活跃与休眠状态转换的机制。
● 病毒基因组复制结构生物学学科组（组长：龚鹏）
围绕RNA病毒聚合酶（RdRP）的催化与调控过程，利用X射线晶体学和生物化学手段，探索RdRP的共性机制与个性特征，寻找基于RdRP功能的抗病毒药物及疫苗研究新策略。目前主要研究体系包括乙型脑炎病毒（JEV）、登革病毒（DENV）、肠道病毒71型（EV71）等。
● 抗体工程学科组（组长：龚睿）
骨架的新型单域抗体（C-型单域抗体），从中阐释关于病毒和宿主相互作用等重要基础问题，为药物设计和开发提供新靶点；解决提高蛋白质类药物产率等若干技术难点（如提高蛋白质折叠效率），为抗体类药物改造提供依据。
主要研究病毒基因组的复制、修饰以及转录后调控，主要包括：（1）以单链DNA病毒为研究对象，利用分子病毒学、分子生物学和生物化学研究方法，探讨病毒DNA进入细胞内基因组复制的机理以及对转录后调控的影响；（2）以RNA病毒为研究对象，探讨病毒基因组修饰与病毒复制、免疫逃逸之间的关系；（3）非编码RNA的功能及3'末端形成机制。
以新发病毒病原学及其感染机理为主要研究方向，包括蝙蝠、啮齿动物等野生动物中新病毒的发现与鉴定、冠状病毒等重要动物源病毒的分子流行病学、遗传进化与跨物种感染分子机理研究；重要新发病毒的血清学与分子诊断技术的建立；蝙蝠抗病毒免疫研究。
● 人畜共患病学科组（组长：王汉中）
以人畜共患病病毒病原为主要研究方向，通过对几种重要的人畜共患病病毒病原的研究，揭示这些重要的人畜共患病毒病原的分子进化和分子流行病学规律；病毒致病和病毒跨物种传播的分子机理；病毒感染与宿主免疫系统的相互关系，同时开展新生病毒的鉴定以及相关病毒疫苗和诊断试剂的研发。目前承担有国家重大专项，国家973，863，支撑计划，国家自然科学学基金和中国科学院知识创新项目。
● 诊断微生物学学科组（组长：危宏平）
主要开展病原微生物检测与新型抗菌分子的研究。以丝状病毒（埃博拉和马尔堡病毒）、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)、结核分枝杆菌等病原为对象，研究重点：（1）病毒、细菌的快速检测方法和试剂；（2）细菌耐药性快速检测方法；（3）基于噬菌体、裂解酶以及细菌素的新型抗菌分子。
负责实验室的筹建、日常维护与管理，为所内研究组提供单克隆抗体技术支持（具体提供各种蛋白的单克隆抗体建株、抗体的鉴定、纯化、标记等）和深层次服务，组织同学科组合作开展单克隆抗体技术致病机理的研究，开发包括特殊病原微生物的检测和小分子化合物残留的免疫检测等有商业用途的产品，开展对外横向合作，积极申请课题经费，组织人员教育培训和技术咨询等。
● 黄病毒感染与防治学科组（组长：张波）
以西尼罗病毒，日本脑炎病毒，登革热病毒为模型，重点研究黄病毒感染，复制以及致病的分子生物机制。筛选抗黄病毒药物以及疫苗的研制工作。
● 流感病毒学科组
主要研究方向是流感病毒基因工程疫苗及DNA疫苗研究；利用反向遗传学技术研究流感病毒新一代疫苗；人类和禽类流感病毒感染及跨种属传播的分子机制。主要包括监测家禽及野生鸟类群体中流感病毒的分布及进化规律；利用反向遗传学技术和酵母双杂交技术研究流感病毒与宿主的相互作用分子机理。
● 病毒膜蛋白结构和功能学科组（组长：曹晟）
研究方向：主要是通过蛋白质晶体学和冷冻电子显微镜等技术，来对与人类疾病相关的新发病毒进行结构研究，试图了解新发病毒在进入宿主细胞的过程中如何识别细胞受体并研究囊膜病毒与宿主细胞的膜融合机制，为寻求新的抗病毒药物设计靶点提供新信息。
● 病毒生物信息学学科组（组长：崔杰）
主要以内源性逆转录病毒（Endogenous retrovirus，ERV）及新发传染性病毒（Emerging infectious viruses）为研究对象进行病毒发生演化模型构建，及开发生物信息学新手段研究病原大数据。
